На этот раз главная угроза для Широ не Берсеркер, а Кастер. Она высасывает энергию из простых жителей города. Райдер уже побеждена ею. Рин серьёзно хочет убить Широ, но сначала они решают вместе победить Кастера. Фантазмом Кастера оказался нож - Rule Breaker. С помощью него она разрывает контракт между Широ и Сэйбер и пытается сделать Сэйбер своей слугой. Арчер и Рин отправляются на битву против Кастера, но Арчер предаёт её и переходит на сторону Кастера. Рин и Широ идут к Илии за помощью, но она уже повержена Гильгамешем. С помошью Лансера, Рин и Широ снова идут сражаться с Кастером и её хозяином Кузуки Соичиро. Кастер собирается вызвать Сэйбер, но выскакивает Арчер и атакует их. Кастер погибает, защищая хозяина, хозяин тоже вскоре погибает. Арчер пытается убить Широ. Рин заключает контракт с Сэйбер и защищает его. Но Широ знает, что это его битва, потому что Арчер - это он сам. Бой разворачивается в замке Илии. Арчер хочет убить жалкого себя в прошлом, а Широ хочет доказать, что его идеалы верны. Во время этого боя Арчер вспоминает, во что раньше верил, и позволяет себя победить. Финальная битва: Широ против Гильгамеша. Широ использует Unlimited Blade Works - Гильгамеш повержен. В последний момент появляется Арчер и всех спасает. Он исчезает с улыбкой и желанием продолжать борьбу.
True end: Артурия исчезает, Рин и Широ возвращаются к своей нормальной привычной жизни.После школы Рин отправляется в Ассоциацию Магов, Широ едет с ней, как ученик. Мато Синдзи отправился в Атлас и стал изучать алхимию.

Two years later...

Тосака Рин и Эмия Широ учатся в Лондоне уже как год. Но совершенно неожиданно всю приятную атмосферу обучения волшебству прерывает срочный вызов Рин в Фуюки по причине того, что она является хозяйкой этой земли. Оставив Широ в Англии, представительница рода Тосака отправляется к себе на родину и там выясняется, что вот уже скоро - через 3 года, грядет новая война за Святой Грааль, причины начала которой неведомы никому. Рин отправляет уведомительное письмо в Ассоциацию, но по причине несчастного случая письмо попадает не в те руки, и по ассоциации стали расходиться различные слухи о начале новой войны за Святой Грааль. Рин же решает оставить Широ в неведении, чтобы снова не впутывать его в это дело.
А тем временем уже сейчас на телах некоторых волшебников стали появляться загадочные багровые рисунки...

Three years later...
Казалось бы, слух, проходящий среди любого сообщества волшебников, о шестой войне Святого Грааля постепенно угас. Но вот, спустя всего каких-то три года, в Лондоне снова стали появляться тихие отголоски уже давно угасших слухов. Студенты и преподаватели шепчутся о том, что многие известные в ассоциации волшебники, а то порой и некоторые студенты, внезапно решили покинуть на время место своей работы или учебы, исчезнув куда-то в районе далекой Японии.

А тем временем в Фуюки - в тихий, теплый, прекрасный апрельский денек, когда все жители этого мирного уютного городка любуются цветением сакуры, волшебники со всего мира готовятся совершить этой ночью необыкновенный могущественный ритуал по призыву Героической души. Героям различных мифов и легенд предстоит встретиться друг с другом в нелегком поединке, который решит, чье заветное желание исполнит великий Святой Грааль...